El objetivo institucional de COMISEDH es contribuir a la vigencia de los derechos humanos y la consolidación de la democracia en el Perú. En su Plan Estratégico Institucional 2009-2012 considera el desarrollo de 5 programas:

• Implementación de las Recomendaciones de la Comisión de la Verdad y Reconciliación
• Erradicación de la tortura
• Erradicación de la violencia contra la mujer y las niñas/os
• Reformas institucionales
• Participación ciudadana y gobernabilidad democrática

1. Erradicación de la tortura
   1. Asistencia integral (médica, legal, psicológica y social) a víctimas de tortura
   2. Acciones para la prevención de la tortura
   3. Investigación y propuestas
   4. Generación y/o fortalecimiento de espacios de confluencia en la lucha contra la tortura: Grupo de Trabajo contra la tortura en la Coordinadora Nacional de Derechos Humanos
   5. Informes para instancias internacionales competentes: Comisión Interamericana de Derechos Humanos, Comité Contra la Tortura y Relator especial sobre tortura de Naciones Unidas
   6. Acciones para el establecimiento del Mecanismo Nacional de Prevención establecido por el Protocolo Facultativo a la Convención contra la Tortura
   7. Recurrencia al Sistema Interamericano de Derechos Humanos
   
   
   
2. Implementación de las Recomendaciones de la Comisión de la Verdad y Reconciliación
   1. Judicialización de graves violaciones a los derechos humanos producidos durante el conflicto armado interno.
   2. Acciones para conseguir Reparación Integral a las víctimas del conflicto armado interno
   3. Plan Nacional de Investigaciones Antropológico Forenses (PNIAF): Completar el Registro de Sitios de entierro de la CVR, efectuar una propuesta de Plan Regional de Investigaciones Antropológico Forenses en Ayacucho, investigaciones preliminares y de patrones de violación de derechos humanos, exhumaciones e investigación fiscal, procesos judiciales.
   4. Investigaciones de patrones de violación de derechos humanos.
   5. Memoria: impulso de procesos de recuperación de memorias locales
   6. Violencia sexual contra la mujer durante el conflicto armado interno: Asistencia legal y psicológica, propuestas e incidencia.
   
   
   
3. Inclusión, participación ciudadana y gobernabilidad democrática
   1. Fortalecimiento del tejido social, participación ciudadana y buen gobierno para el desarrollo local en zonas rurales andinas
   2. Inclusión y ciudadanía para los pueblos amazónicos del Perú.
   
   
   
4. Erradicación de la violencia contra la mujer y las niñas
   1. Acceso a la justicia y reparación para mujeres víctimas de violencia sexual durante el conflicto armado interno;
   2. Prevención, investigación y sanción de la violencia sexual contra la mujer en zonas rurales.
   3. Prevención, investigación y sanción de la violencia sexual contra niñas.
   
   
   
5. Reformas Institucionales:
   1. Adecuación de la legislación penal al Estatuto de Roma de la Corte Penal Internacional y otras normas internacionales en derechos humanos y derecho internacional humanitario;
   2. Establecimiento de Mecanismo Nacional de Prevención de la tortura
   3. Módulo de educación en derechos humanos para profesores rurales;
   4. Normas de derechos humanos para las fuerzas de seguridad estatal (Policía Nacional, INPE y Fuerzas Armadas);
   5. Capacitación y formación en derechos humanos de funcionarios y agentes estatales: Jueces y Fiscales, Policía Nacional (en coordinación con la Secretaría Permanente de la Comisión Nacional de Derechos Humanos del Ministerio del Interior), INPE, FFAA (a través del Centro de Derecho Internacional Humanitario y Derechos Humanos de las Fuerzas Armadas) y Ejército Peruano (a través de la Dirección de Asuntos Civiles del EP)