COMISEDH orienta el conjunto de sus trabajos actuales por su plan estratégico institucional 2009-2012, el cual está constituido por cinco grandes programas, los que a su vez poseen diversas líneas de acción en las que están enmarcados los proyectos institucionales que desarrolla. Estos programas son los siguientes:

• Implementación de las Recomendaciones de la Comisión de la Verdad y Reconciliación
• Erradicación de la tortura
• Erradicación de la violencia contra la mujer y las niñas/os
• Reformas institucionales
• Inclusión, participación ciudadana y gobernabilidad democrática