Este es un programa que abarca las recomendaciones de la CVR en sus dimensiones de esclarecimiento de la verdad, justicia, reparación, memoria y reconciliación local. COMISEDH desarrolla un particular esfuerzo en este programa y posee logros importantes en varias de sus líneas de trabajo. Estas son:

1. Judicialización de graves violaciones a los derechos humanos producidos durante el conflicto armado interno: Se trabaja con el criterio de casos escogidos -con mayores elementos para su judicialización exitosa- y que contengan diversos tipos de violación de derechos humanos y de agente perpetrador. Se han conseguido significativas victorias judiciales: sentencia del ex presidente Alberto Fujimori (en conjunto con otras instituciones de derechos humanos), sentencia a cadena perpetua de la cúpula de Sendero Luminoso, sentencia en el caso del periodista de "Caretas" Hugo Bustíos, sentencia en al caso Pichanaki, entre otros.
   
   
2. Reparaciones: Se trabaja por la reparación integral de las víctimas -tanto colectiva como individualmente- con acciones diversas que van desde las propuestas y la incidencia hasta el registro concreto de víctimas para el Consejo de Reparaciones. COMISEDH ha contribuido con el proceso del Registro Único de Víctimas recopilando fichas en tres provincias de Ayacucho.
   
   
3. Plan Nacional de Investigaciones Antropológico Forenses (PNIAF): El trabajo se centra en tres grandes aspectos: Completar el Registro de sitios de entierro de la CVR, efectuar una propuesta de Plan Regional de Investigaciones Antropológico Forenses en Ayacucho, que es la región que posee cerca al 50% de estos sitios a nivel nacional, y, desarrollar investigaciones preliminares que posibiliten exhumaciones e investigaciones del Ministerio Público.
   
   
4. Investigación de patrones de violación de derechos humanos: En casos donde haya habido sistematicidad o generalidad, como por ejemplo, la violación sexual de mujeres durante la violencia o de ejecuciones extrajudiciales o asesinatos durante la misma.
   
   
5. Memoria: Se impulsan procesos de recuperación de memorias locales con metodologías innovadoras como el uso de relatos de la tradición oral andina y la reafirmación de la identidad local.
   
   
6. Violencia sexual contra la mujer durante el conflicto armado interno: Aparte de la investigación sobre las violaciones, se brinda asistencia legal y psicológica a las víctimas y se desarrollan propuestas para su acceso a la justicia y la reparación.