Este es un programa nuevo, surgido en el 2008, que está orientado a prestar atención al grave problema de la exclusión social en el Perú -proceso histórico por el cual una parte importante de peruanos no tiene acceso a los servicios que debe brindar el Estado y para su desarrollo- que afecta el conjunto de los derechos humanos de quienes la sufren. La exclusión está en la base de la alta conflictividad que muestra el país y que afecta su gobernabilidad.

Está dirigido, por una parte, a zonas rurales andinas afectadas por el conflicto armado interno, desarrollando acciones para la reconstrucción del tejido social, para el establecimiento de un sistema de participación ciudadana y de buen gobierno local, y, para la promoción del desarrollo.

De otro lado, se orienta a prestar atención a los pueblos amazónicos en su lucha por la inclusión ciudadana, tanto individual como colectiva -en tanto pueblos indígenas- .

Las líneas de este programa son:

1. Fortalecimiento del tejido social, participación ciudadana y buen gobierno para el desarrollo local: Se trata de la validación de un modelo de intervención desarrollado por COMISEDH con estos componentes para zonas rurales andinas. Esta validación se está realizando en el distrito de Lucanamarca en Ayacucho.
   
   
2. Hacia la inclusión y ciudadanía para los pueblos amazónicos del Perú: Sus principales acciones tienen que ver con el cumplimiento por parte del Estado del Convenio 169 de la OIT; el derecho a la consulta, la definición de un mecanismo de consulta y la realización y fiscalización de la consulta efectiva a los pueblos amazónicos sobre decisiones que afecten su vida, territorio y medioambiente.