Este programa que se inició en 1998, año en que se tipificó en el Perú el delito de tortura, abarca diversas actividades tanto de prevención como de investigación y sanción del delito de tortura. 11 de las 15 sentencias condenatorias confirmadas por la Corte Suprema que hasta el momento existen en el país, han sido conseguidas por COMISEDH. Se capacita a agentes estatales de seguridad, así como se promueven reformas normativas y de políticas públicas en materia de prevención.

La tortura es una práctica extendida y frecuente en todo el territorio nacional y sus perpetradores gozan en su inmensa mayoría de impunidad.

Las principales líneas de acción de este programa son:

1. Asistencia integral (médica, legal, psicológica y social) a víctimas de tortura: Actualmente se asiste a más de un centenar de casos de tortura y se han logrado significativas victorias judiciales (11).
   
   
2. Recurrencia al sistema interamericano de derechos humanos: COMISEDH cuenta con 4 casos de tortura en el sistema y espera que lleguen a nivel de la Corte Interamericana.
   
   
3. Prevención de la tortura: capacitación de agentes estatales de seguridad (efectivos policiales, servidores penitenciarios y miembros de las Fuerzas Armadas) e impulso de reformas normativas y de políticas públicas
   
   
4. Investigación y desarrollo de propuestas: Se realizan investigaciones jurídicas sobre el delito de tortura y se formulan propuestas para su mejor tipificación y aplicación, así como sobre la práctica y la casuística de tortura.
   
   
5. Generación y fortalecimiento de espacios de confluencia en la lucha contra la tortura: Grupo de Trabajo contra la tortura en la Coordinadora Nacional de Derechos Humanos, cuyo trabajo ha estado centrado en la prevención y, en particular, en el esfuerzo por establecer un Mecanismo Nacional de Prevención de la Tortura en el Perú.
   
   
6. Desarrollo de Informes para instancias internacionales competentes: Comisión Interamericana de Derechos Humanos, Comité Contra la Tortura y Relator especial sobre tortura de Naciones Unidas, con el objetivo de exigir al Estado peruano el cumplimiento de sus obligaciones internacionales en materia de erradicación de la tortura.
   
   
7. Acciones para el establecimiento del Mecanismo Nacional de Prevención establecido por el Protocolo Facultativo a la Convención contra la Tortura: desarrollo de una propuesta de mecanismo nacional y acciones de incidencia para su implementación, en coordinación con otras organizaciones de derechos humanos.